कॉपी-संख्या परिवर्तन की व्याख्या: प्रवर्धन, लाभ, हानि और विलोपन

शब्दावली

एक सामान्य द्विगुणित जीनोम में प्रत्येक ऑटोसोमल जीन की दो प्रतियां होती हैं। प्रवर्धन का अर्थ आमतौर पर एक छोटे क्षेत्र पर केंद्रित कई अतिरिक्त प्रतियां (अक्सर छह या अधिक के रूप में परिभाषित) होता है, और आम तौर पर एचईआर2 या एमवाईसी की तरह मजबूत ओवरएक्प्रेशन को संचालित करता है।

लाभ का अर्थ है मामूली वृद्धि (तीन या चार प्रतियां), अक्सर एक बड़े क्षेत्र में और कम निश्चित महत्व की। विषमयुग्मजी हानि एक शेष प्रति है; समयुग्मक या द्विवार्षिक विलोपन दोनों प्रतियों का नुकसान है, जो CDKN2A जैसे जीन को पूरी तरह से हटा देता है।

सीमाएं प्रयोगशाला द्वारा निर्धारित की जाती हैं

कोई यूनिवर्सल कॉपी-नंबर कट-ऑफ नहीं है। एक प्रयोगशाला प्रतिलिपि संख्या छह पर प्रवर्धन कह सकती है, दूसरी आठ पर, और ट्यूमर के लिए मानी गई संदर्भ प्लोइडी गणना को प्रभावित करती है।

इसका मतलब है कि सीमा और विधि को जाने बिना एक रिपोर्ट से प्रवर्धन कॉल सीधे दूसरे से तुलनीय नहीं है।

शुद्धता और प्लोइडी विरूपण

कम ट्यूमर शुद्धता कॉपी-संख्या संकेतों को सामान्य की ओर संकुचित कर देती है, इसलिए वास्तविक प्रवर्धन छोटे दिखते हैं और गैर-ट्यूमर कोशिकाओं द्वारा योगदान की गई दो सामान्य प्रतियों द्वारा छिपाए गए समयुग्मक विलोपन को पूरी तरह से अनदेखा किया जा सकता है।

संपूर्ण-जीनोम दोहरीकरण, उन्नत कैंसर में आम है, बेसलाइन प्लोइडी को बढ़ाता है, इसलिए जो लाभ जैसा दिखता है वह उस ट्यूमर के लिए लगभग सामान्य हो सकता है, और वास्तविक नुकसान अभी भी दो प्रतियां छोड़ सकता है।

फोकल बनाम ब्रॉड, और हेटेरोज़ायोसिटी का नुकसान

एक जीन पर कसकर केंद्रित एक फोकल प्रवर्धन पूरे गुणसूत्र बांह के व्यापक लाभ की तुलना में चालक होने की अधिक संभावना है जो कई जीनों को स्वीप करता है।

हेटेरोज़ायोसिटी की प्रतिलिपि-तटस्थ हानि, जहां एक मूल प्रतिलिपि खो जाती है और दूसरी दोहराई जाती है, कुल मिलाकर दो रहती है लेकिन आनुवंशिक विविधता को हटा देती है और एक अप्रभावी उत्परिवर्तन को उजागर कर सकती है। यह कॉपी-संख्या विश्लेषण के लिए अदृश्य है जो केवल कुल प्रतियों की गणना करता है।

व्याख्या नोट्स

एक कॉपी-संख्या परिणाम को प्रयोगशाला की सीमा, अनुमानित शुद्धता, और क्या परिवर्तन फोकल या व्यापक है, के साथ पढ़ा जाना चाहिए।

एचईआर2 या एमईटी प्रवर्धन या सीडीकेएन2ए विलोपन जैसी चिकित्सकीय रूप से महत्वपूर्ण कॉलों के लिए, ऑर्थोगोनल पुष्टिकरण (उदाहरण के लिए प्रतिदीप्ति इन-सीटू हाइब्रिडाइजेशन) का अक्सर उपयोग किया जाता है।

मुख्य बातें

• ·प्रवर्धन (कई फोकल प्रतियां) लाभ (मामूली, अक्सर व्यापक वृद्धि) से भिन्न होता है।
• ·समयुग्मक विलोपन एक जीन को पूरी तरह से हटा देता है; विषमयुग्मजी हानि एक प्रति छोड़ देती है।
• ·सीमाएँ, ट्यूमर की शुद्धता और संपूर्ण-जीनोम दोहरीकरण सभी कॉल को विकृत करते हैं।
• ·फोकल परिवर्तन और हेटेरोज़ायोसिटी की प्रतिलिपि-तटस्थ हानि विशिष्ट अर्थ रखती है।