संदर्भ जीनोम बिल्ड: रिपोर्ट पर जीआरसीएच37 बनाम जीआरसीएच38 क्यों दिखाई देता है

एक संदर्भ निर्माण क्या है

संदर्भ जीनोम एक सर्वसम्मति अनुक्रम है जिसके विरुद्ध किसी व्यक्ति के डीएनए की रीडिंग को संरेखित किया जाता है और तुलना की जाती है। इसे जीनोम रेफरेंस कंसोर्टियम द्वारा समय-समय पर अद्यतन किया जाता है क्योंकि अंतराल भरे जाते हैं और त्रुटियों को ठीक किया जाता है।

GRCh37 (जिसे hg19 भी कहा जाता है) 2009 में जारी किया गया था; 2013 में GRCh38 (hg38), निरंतर छोटे पैच के साथ। GRCh38 हजारों त्रुटियों को ठीक करता है, अंतराल को बंद करता है और उन क्षेत्रों का बेहतर प्रतिनिधित्व करता है जो व्यक्तियों के बीच भिन्न होते हैं।

निर्देशांक भिन्न क्यों होते हैं

क्योंकि अनुक्रम को बिल्ड के बीच जोड़ा और पुनर्व्यवस्थित किया गया था, वही संस्करण जीआरसीएच37 और जीआरसीएच38 में एक अलग संख्यात्मक स्थिति पर बैठता है। एक रिपोर्ट में यह बताया जाना चाहिए कि इसका उपयोग किस निर्माण में किया गया।

प्रोटीन या ट्रांसक्रिप्ट स्तर (उदाहरण के लिए एक विशिष्ट अमीनो-एसिड परिवर्तन) पर वेरिएंट नामकरण अधिक स्थिर है, यही एक कारण है कि नैदानिक ​​​​रिपोर्ट जीनोमिक निर्देशांक के साथ उस विवरण पर जोर देती है।

प्रतिलेख संस्करण भी मायने रखते हैं

एक कोडिंग वैरिएंट को जीन के लिए चुने गए संदर्भ प्रतिलेख के सापेक्ष क्रमांकित किया जाता है। जीन में कई प्रतिलेख हो सकते हैं, और एक अलग प्रतिलेख का उपयोग करने से कोडिंग स्थिति और कभी-कभी अनुमानित परिणाम बदल जाता है।

प्रयोगशालाएं इस अस्पष्टता को कम करने के लिए तेजी से मानकीकृत संदर्भ प्रतिलेख सेट का उपयोग कर रही हैं, लेकिन पुरानी रिपोर्टें अलग-अलग प्रतिलेखों का उपयोग कर सकती हैं।

व्यावहारिक परिणाम

जब किसी नई रिपोर्ट की तुलना किसी पुरानी रिपोर्ट से की जाती है, या किसी डेटाबेस में वेरिएंट को देखा जाता है, तो बिल्ड और ट्रांसक्रिप्ट का मिलान होना चाहिए या निर्देशांक को परिवर्तित (ऊपर उठाया हुआ) होना चाहिए। लिफ्टओवर आमतौर पर विश्वसनीय होता है लेकिन पुनर्व्यवस्थित क्षेत्रों में विफल हो सकता है।

जनसंख्या आवृत्ति संसाधन बिल्ड-विशिष्ट होते हैं, इसलिए गलत बिल्ड में देखी गई आवृत्ति भ्रामक हो सकती है।

व्याख्या नोट्स

किसी भी भिन्न रिपोर्ट की तुलना किसी अन्य स्रोत से करने से पहले उस पर जीनोम निर्माण और संदर्भ प्रतिलेख की जांच करें।

किसी वैरिएंट का प्रोटीन-स्तर विवरण सबसे पोर्टेबल पहचानकर्ता है और अधिकांश क्यूरेटेड क्लिनिकल डेटाबेस इसकी कुंजी है।

मुख्य बातें

• ·GRCh37 और GRCh38 क्रमिक संदर्भ निर्माण हैं; प्रत्येक वैरिएंट में अलग-अलग निर्देशांक होते हैं।
• ·रिपोर्ट में निर्माण और प्रयुक्त संदर्भ प्रतिलेख का उल्लेख होना चाहिए।
• ·प्रोटीन-स्तरीय भिन्न विवरण जीनोमिक निर्देशांक की तुलना में अधिक स्थिर हैं।
• ·रिपोर्ट की तुलना करते समय या जनसंख्या आवृत्तियों को देखते समय बिल्ड बेमेल त्रुटियों का कारण बनता है।