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癌症遗传学· 3 分钟阅读

检测限:分子检测可以调用的最小信号

每个分子检测都有一个下限,低于该下限就无法可靠地区分真实变异与背景噪音。这种检测极限是一个定义的性能特征,它是理解阴性结果的含义和含义的关键数字。

快速解答

每个分子检测都有一个下限,低于该下限就无法可靠地区分真实变异与背景噪音。这种检测极限是一个定义的性能特征,它是理解阴性结果的含义和含义的关键数字。

检测限:分子检测可以调用的最小信号:机制和解释图三个相连的阶段总结了文章的机制、测量的效果和解释边界。EGFR·KRAS1检测限是多少机制2是什么设置的观察到的后果3组织与血液在上下文中解释基因或通路证据 → 测量的表型 → 检测感知结论
机制图:文章的主要生物学阶段与最终解释是分开的,因此通路关系不会被误认为是临床结论。

检测限是多少

检测限是目标的最低量,通常表示为变异等位基因分数,该检测可以以规定的概率(通常为 95%)检测到该目标,同时保持假阳性在可接受的低水平。

它是在验证过程中通过测试已知阳性材料的稀释系列而建立的,并且是给定变体类型和输入量的测定的属性。

是什么设置的

关键因素是测序深度(更多读取区分真正的低水平信号和错误)、化学和生物信息学的背景错误率、输入 DNA 的数量和质量以及变异类型。

点突变通常具有最低的检测限;插入、删除、拷贝数改变和融合更加困难并且具有更高(更差)的限制。

探索:EGFR

组织与血液

标准肿瘤组织组通常具有约 2% 至 5% 变异等位基因分数的检测限。专门的循环肿瘤 DNA 检测通过使用纠错和同时跟踪许多变异,将误差大大降低至 0.1% 或更低。

超灵敏残留疾病检测的灵敏度部分是通过针对一组已知的肿瘤突变进行个性化而不是广泛搜索来实现的。

为什么它会导致负面结果

如果存在 1% 的突变,且检测的检测限为 5%,则即使存在突变,检测也会报告阴性。阴性结果对于检测是准确的,但对于肿瘤则不准确。

这就是为什么在得出真正不存在的结论之前,应根据样品纯度和检测的检测限重新考虑未发现的临床预期突变。

探索:KRAS

解释说明

报告应说明检测的检测限,最好按变异类型说明。将阴性结果视为仅排除高于该阈值的变异。

对于低肿瘤含量样本或基于血液的检测,特定病例的有效灵敏度可能比总体检测限更差。

要点

  • ·检测限是在验证期间设置的检测可靠调用的最低变异分数。
  • ·深度、错误率、输入质量和变体类型都会影响它。
  • ·纸巾面板占 2% 到 5% 左右;专门的 ctDNA 检测可达到 0.1% 或更低。
  • ·阴性结果仅排除高于测定检测限的变异。

将这些基因置于通路背景中

常见问题解答

检测限:分子测定可以调用的最小信号中的关键思想是什么?

每个分子检测都有一个下限,低于该下限就无法可靠地区分真实变异与背景噪音。这种检测极限是一个定义的性能特征,它是理解阴性结果的含义和含义的关键数字。

结果或机制应保留什么?

深度、错误率、输入质量和变体类型都会影响它。组织板约占 2% 至 5%;专门的 ctDNA 检测可达到 0.1% 或更低。阴性结果仅排除高于测定检测限的变异。

参考文献

  1. 1下一代基于测序的肿瘤学小组验证指南. 分子诊断杂志, 2017. PubMed
  2. 2通过对循环肿瘤 DNA 中的定相变异进行靶向测序来增强对微小残留病的检测. 自然生物技术, 2021. PubMed
  3. 3体细胞突变小组:是时候还清他们的名字了. 癌症遗传学, 2019. PubMed
  4. 4更新的选择肺癌患者接受靶向酪氨酸激酶抑制剂治疗的分子检测指南. 病理学与检验医学档案, 2018. PubMed

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