变异等位基因分数：报告中的百分比意味着什么

基本计算

如果 1,000 个测序读数覆盖一个位置并且 300 个包含变异，则变异等位基因比例为 30%。它是对数据的直接测量，与细胞中哪些部分携带突变的生物学问题不同。

对于纯正常样本中的种系杂合变异，预期分数约为 50%；对于纯合变体，接近 100%。

什么会降低体细胞 VAF

在肿瘤样本中，每个癌细胞中存在的克隆杂合突变被正常细胞稀释。当肿瘤纯度为 40% 时，其比例约为 20%。纯度降低会进一步降低。

仅存在于某些癌细胞中的亚克隆突变更低。因此，低分数可能意味着低纯度、亚克隆性或两者兼而有之，这些都有不同的含义。

是什么引发或扭曲了 VAF

拷贝数变化会改变分数。如果突变等位基因被扩增，或者野生型等位基因被删除（杂合性丧失），则即使在不纯的样品中，变异也可能接近或超过 50%。这对于 TP53 等肿瘤抑制突变很常见。

PCR 扩增偏差和测序假象也会扭曲低水平分数，这是极低 VAF 调用需要正交确认的原因之一。

血液检测中的 VAF

在循环肿瘤 DNA 中，该分数反映了有多少肿瘤 DNA 流入血液，其差异很大。真正的驱动因素可能远低于 1%。

血液检测还可以检测到克隆造血、与年龄相关的血细胞克隆扩增的变异，通常存在于 DNMT3A、TET2 和 TP53 等基因中，这些变异可能被误认为是肿瘤信号。

解释说明

低 VAF 并不自动意味着变体不重要； 2% 的亚克隆耐药突变仍然可以解释治疗失败。

VAF 应与肿瘤纯度、局部拷贝数和检测的检测限一起解读，而不是单独解读。

要点

• ·VAF 是携带变异的读数的分数，是一种测量结果，而不是生物量。
• ·低肿瘤纯度和亚克隆性都会降低体细胞 VAF。
• ·拷贝数增加或杂合性损失可以将其提高到 50% 或以上。
• ·在血液中，预期 VAF 较低，并且克隆造血可以模拟肿瘤变异。