肿瘤纯度和测序：样本中有多少癌症

为什么纯度设定了检测上限

如果样本中只有 20% 的细胞是癌症，则每个癌细胞中存在的杂合突变将出现在大约 10% 的测序读数中，因为一半的肿瘤 DNA 拷贝携带该突变。

如果检测的检测限约为 5%，则该突变仍然可以检测到；如果纯度下降到 10%，则相同的突变会接近或低于检测阈值，并且可能会被遗漏。

如何估计纯度

病理学家在染色载玻片上目视估计纯度，但这只是近似值并且取决于观察者。生物信息学方法使用许多变体的等位基因分数和拷贝数模式从测序数据本身推断纯度。

这两种估计并不总是一致，并且低纯度样品更难以通过任何一种方法进行可靠分析。

不同发现的后果

低纯度最影响亚克隆突变、低水平拷贝数变化，尤其是纯合缺失的检测，这些缺失可能被正常细胞信号掩盖。

肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性估计在低纯度下也不太可靠，因为需要测量的肿瘤信号较少。

改进样本

宏观解剖或显微解剖，即病理学家标记和实验室刮擦载玻片上富含肿瘤的区域，可提高有效纯度。选择细胞更多的块，或要求新鲜的活检，是其他选择。

实验室通常会设定一个最低纯度阈值，低于该阈值他们不会报告，或者会在报告时附带警告。

解释说明

报告应说明估计的肿瘤含量。低纯度样品的阴性结果是真正不存在的微弱证据。

如果未发现临床预期的突变且纯度较低，通常需要在得出肿瘤阴性结论之前对更好的样本进行重复测试。

要点

• ·肿瘤纯度是样本中癌细胞的分数，它限制了检测灵敏度。
• ·低纯度会使真实突变低于测定的检测限。
• ·纯合子缺失和亚克隆变化受影响最大。
• ·宏观解剖和样品选择可以提高有效纯度。