Эпигенетика рака и регуляторы хроматина
Эпигенетические системы контролируют, какие гены доступны, без изменения последовательности ДНК. Рак может изменить ферменты, которые записывают, стирают или считывают метки хроматина, комплексы, которые перемещают нуклеосомы, а также само распределение метилирования ДНК.
Быстрый ответ
Эпигенетическое изменение не является автоматически обратимым, целенаправленным или вызвано одной мутацией. Интерпретация начинается с выделения измененного слоя — метилирования ДНК, метки гистонов, комплекса хроматина или программы происхождения — и затем задается вопросом, как это было измерено.
Как кластер сочетается друг с другом
Ключевые профили генов
Эпигенетика и библиотека хроматина
Следите за метками хроматина от механизма до контекста заболевания и новых стратегий лечения.
DNMT3A и TET2 в клональном кроветворении
Как возрастные мутации в регуляторах метилирования ДНК DNMT3A и TET2 расширяют клоны клеток крови, что означает клональный гемопоэз с неопределенным потенциалом и его известные риски.
3 минуты чтенияEZH2 и поликомб-репрессия при раке
Как EZH2, ферментативное ядро полисотового репрессивного комплекса 2, подавляет гены посредством метилирования H3K27, почему он может действовать как онкоген или супрессор опухоли и где используются ингибиторы.
3 минуты чтенияKMT2D и KMT2C: регуляторы-энхансеры утрачиваются при многих видах рака
Почему гистоновые метилтрансферазы KMT2D и KMT2C являются одними из наиболее часто мутирующих генов при раке, как они маркируют активные энхансеры и что означает потеря для интерпретации.
3 минуты чтенияKDM6A (UTX): X-связанный гистондеметилаза, супрессор опухоли
Как KDM6A удаляет репрессивную метку H3K27me3, почему ее расположение на Х-хромосоме способствует половым различиям при некоторых видах рака и где ее потеря является обычным явлением.
3 минуты чтенияSETD2: Метилирование, транскрипция и репарация H3K36
Как SETD2 записывает метку H3K36me3, которая управляет транскрипцией, сплайсингом и репарацией ДНК, и почему ее потеря является рецидивирующим явлением при светлоклеточной почечно-клеточной карциноме и других видах рака.
3 минуты чтенияСиндром предрасположенности к опухоли BAP1
Как потеря зародышевого BAP1 предрасполагает к мезотелиоме, увеальной меланоме, почечно-клеточному раку и отличительным опухолям кожи, и как соматическая потеря BAP1 используется в патологии.
3 минуты чтенияГистон H3 K27M и диффузная срединная глиома
Как однократное изменение гистона H3 от лизина к метионину перепрограммирует эпигеном диффузной срединной глиомы, почему оно определяет тип опухоли и какие терапевтические методы применяются.
3 минуты чтенияМутации гистона H3 G34 при детской глиоме высокой степени злокачественности
Как замены глицина-34 в гистоне H3.3 определяют отдельную группу полушарных педиатрических глиом высокой степени злокачественности, чем они отличаются от K27M и их влияние на хроматин и репарацию.
3 минуты чтенияИнгибиторы бромодомена BET: воздействие на транскрипционную зависимость
Как белки BET, такие как BRD4, считывают ацетилированные гистоны, чтобы управлять транскрипцией генов, таких как MYC, почему были разработаны ингибиторы BET и проблемы, наблюдаемые в испытаниях.
3 минуты чтенияИнгибиторы HDAC при раке: где они работают, а где нет
Как ингибиторы гистондеацетилазы меняют экспрессию генов, почему они одобрены главным образом при Т-клеточных лимфомах и миеломах и почему они неэффективны при солидных опухолях.
3 минуты чтенияМетилирование ДНК при раке: подавление и нестабильность
Как рак сочетает фокальное гиперметилирование промотора, которое подавляет опухолевые супрессоры, с общегеномным гипометилированием, и как метилирование используется для классификации и обнаружения.
3 минуты чтенияФенотип метилатора CpG-островков (CIMP)
Что это означает, когда опухоль имеет широко распространенное скоординированное метилирование промотора, как CIMP связан с мутацией BRAF и подавлением MLH1 при колоректальном раке, а также его пределы как категории.
3 минуты чтенияИнгибиторы менина-KMT2A при остром лейкозе
Как перестройки KMT2A и мутации NPM1 создают зависимость от взаимодействия менин-KMT2A и как ингибиторы менина, такие как ревумениб, используют это.
3 минуты чтенияПотеря SMARCB1 и рабдоидные опухоли
Как потеря субъединицы SWI/SNF SMARCB1 вызывает рабдоидные опухоли, несмотря на почти бесшумный геном, связь с синдромом рабдоидной предрасположенности и зависимостью от EZH2, которую он создает.
3 минуты чтенияГипометилирующие агенты: азацитидин и децитабин.
Как азацитидин и децитабин истощают ферменты DNMT, обращая вспять аберрантное метилирование ДНК, где они используются при миелоидных заболеваниях и почему ответ занимает месяцы.
3 минуты чтенияЧасто задаваемые вопросы
В чем разница между генетическим и эпигенетическим изменением?
Генетическое изменение изменяет последовательность или структуру ДНК; Эпигенетическое изменение изменяет способ упаковки или регулирования ДНК, не обязательно меняя ее последовательность.
Всегда ли метилирование промотора выключает ген?
Нет. Геномная область, анализ, граница, клеточная смесь и взаимосвязь между метилированием и экспрессией - все это влияет на интерпретацию.
Все ли мутации регулятора хроматина являются целенаправленными?
Нет. Некоторые создают устоявшиеся контексты лечения, в то время как многие остаются биологическими маркерами или исследовательскими гипотезами, а не проверенными биомаркерами лечения.